Jotta erikoisalan sanasto tai ontologia palvelisi tarkoitustaan, se on laadittava huolellisesti ja käyttäen hyväksi yleisiä terminologisia ja ontologiatyön periaatteita ja menetelmiä. Menetelmistä keskeisimpiä ovat käsiteanalyysi ja aineiston tekninen käsittely käsitetiedon rakenteen tuntemuksen perusteella. Terminologisessa sanastotyössä ja ontologiatyössä tarvitaankin paitsi työn kohteena olevan erikoisalan myös käsitetyön asiantuntemusta.
Käsiteanalyysi
Terminologian teorian ja siihen perustuvien menetelmien lähtökohtana on oheisen tetraedrimallin kuvastama ajattelutapa. Siinä tarkoitteet ovat ihmisen havaitsemia tai kokemia kohteita – esineitä, olentoja, tapahtumia, prosesseja tai ominaisuuksia – joista osa on konkreettisia, osa abstrakteja. Käsitteet puolestaan ovat ajattelun elementtejä, joiden avulla ihminen mielessään jäsentää ympäröivää todellisuutta eli tarkoitemaailmaa. Termit ovat käsitteille viestintää varten annettuja nimityksiä ja määritelmät puolestaan käsitteiden sisällön sanallisia kuvauksia.
Terminologisessa käsiteanalyysissä selvitetään sekä käsitteiden sisältö että eri käsitteiden väliset suhteet. Käsitesuhteita on yleensä monia eri tyyppejä, ja ne muodostavat usein moniulotteisen ja joskus mutkikkaankin käsitejärjestelmän. Käsitejärjestelmien analysoimiseen ja kuvaamiseen käytetään usein graafisia kaavioita, joissa eri käsitesuhteet eritellään tietyin merkinnöin. Käsiteanalyysin yhteydessä selvitetään myös käsitteiden ja termien väliset suhteet. Tässä vaiheessa paljastuu, mitkä sanat todella ovat synonyymejä ja milloin jokin sana viittaa useampaan kuin yhteen käsitteeseen (homonymia tai polysemia).
Käsitekeskeinen lähestymistapa antaa erinomaisen pohjan myös eri kielten käsitteiden ja termien vertailemiselle. Tätä kautta voidaan luotettavasti selvittää muun muassa eri kielten termien väliset vastaavuudet. Pelkästään termejä vertaamalla tämä ei välttämättä onnistu, sillä termit eivät aina anna oikeaa kuvaa käsitteiden sisällöstä ja saattavat siksi johtaa vääriin johtopäätöksiin.
Aineistojen tekninen käsittely
Erikoisalojen sanastot tulee tallentaa käsitekohtaisesti rakenteiseen muotoon: kunkin käsitteen kaikki tiedot (määritelmät, erikieliset termit synonyymeineen jne.) sijoitetaan yhteen termitietueeseen, ja kussakin termitietueessa kuvataan (määritellään) täsmälleen yksi käsite. Sanaston rakenteinen muoto, jossa tietotyypit on eritelty, tukee aineiston kehittämistä, esittämistä ja hyödyntämistä eri tavoin.
Sanastokeskus osallistuu erityisesti YSOon eli Yleiseen suomalaiseen ontologiaan yhdistettävien, asiasanastopohjaisten erikoisontologioiden kehittämiseen ja ylläpitoon. Näissä ontologioissa keskeistä on YSOn hierarkian tuntemus ja erikoisalan käsitteiden hierarkian ja muiden olennaisten käsitesuhteiden esittäminen YSOn rakenteen mukaisesti. Lisäksi Sanastokeskus voi konsultoida myös muita ontologiahankkeita. Kuten terminologisessa sanastotyössä myös ontologiatyössä tietojen käsittely rakenteisessa muodossa on erittäin tärkeää.